Bij het begin van de 11e eeuw was Melk een machtscentrum van het huis Babenberg in het markgraafschap Oostenrijk. De abdij behield een zekere zelfstandigheid tegenover de markgraven. Bij het begin van de 16e eeuw werden de bezittingen van de abdij in de omgeving van Wenen vernield in de oorlogen met de Ottomaanse Turken. In de 17e eeuw herwon de abdij haar economische zelfstandigheid. Zij werd een centrum van de contrareformatie. In de 18e eeuw werd begonnen met de bouw van de imposante barokke kerk en nieuwe kloostergebouwen.

De abdij is een van de markante punten binnen het cultuurlandschap Wachau wat op de werelderfgoedlijst van UNESCO staat.